Thomas Cristofoletti for the New York Times
Η Δρ. Τζέσικα Μάνινγκ πιστεύει ότι μπορούμε να εντοπίσουμε και να σταματήσουμε την επόμενη πανδημία
Η Covid-19 έφτασε στην Καμπότζη πριν από έναν χρόνο, στις 23 Ιανουαρίου, όταν ένας Κινέζος από τη Γουχάν, την πόλη όπου προωτοεμφανίστηκε ο νέος κορωνοϊός, επισκέφθηκε την πόλη και πολύ σύντομα αρρώστησε, εμφανίζοντας συμπτώματα όπως πυρετός. Το τεστ PCR για τον εντοπισμό του SARS-CoV-2 βγήκε θετικό. Η είδηση αυτή σήμαινε ότι η νόσος είχε και επισήμως περάσει τα σύνορα.
Για την Καμπότζη, μία αναπτυσσόμενη χώρα με αδύναμο σύστημα υγείας και απευθείας πτήσεις από τη Βουχάν, η νέα ασθένεια φαινόταν να συνιστά ιδιαίτερα υψηλό κίνδυνο. Η Δρ. Τζέσικα Μάνινγκ ερευνήτρια δημόσιας υγείας στο U.S. Institute of Allergy and Infectious Diseases, που εργαζόταν στην Καμπότζη επί χρόνια, είδε μία ευκαιρία: να βοηθήσει την χώρα να ενταχθεί στην παγκόσμια προσπάθεια παρακολούθησης νέων νοσημάτων.
Η Δρ. Μάνινγκ εξέτασε δείγματα από τη μύτη και το στόμα του ασθενή μέσω ενός μηχανήματος εύρεσης γενετικής αλληλουχίας. Η συσκευή αυτή ήταν μία πρόσφατη προσθήκη στο εργαστήριο της στο τμήμα παρασιτολογίας κρατικού οργανισμού. «Ανυπομονούσα να δω τα αποτελέσματα. Τα περίμενα με ενθουσιασμό» αφηγείται.
Η συσκευή μεταφόρτωσε τα δεδομένα σε ένα online λογισμικό, το οποίο μπορούσε να συνενώσει τα γονιδιώματα στο δείγμα και να τα συγκρίνει με άλλους γνωστούς οργανισμούς. Το σύστημα επιβεβαίωσε ότι διέθετε έναν ιό με ένα γονιδίωμα σχεδόν όμοιο με εκείνο του νέου κορωνοϊού που εντοπίστηκε στη Γουχάν. Για την Δρ. Μάνινγκ αυτό ήταν η απόδειξη ότι μία μικρή έρευνα μπορούσε να εντοπίσει νέα ή απροσδόκητα παθογόνα και να δώσει πολύτιμες πληροφορίες για αυτά. Το εργοσταστήριό της και άλλα αντίστοιχα εργαστήρια θα μπορούσαν να λειτουργήσουν ως έγκαιρο σύστημα προειδοποίησης για την επόμενη πανδημία. Η δουλειά της έλαβε χρηματοδότηση από το Ίδρυμα Μπιλ και Μελίντα Γκέιτς.
«Μία τέτοια δουλειά ενεργοποιεί όλες τις αισθήσεις σου. Έτσι θα πρέπει να δουλεύουμε» λέει.
Για να εντοπίσει άγνωστα παθογόνα, το project της Δρ. Μάνινγκ χρησιμοποιεί μία προσέγγιση που ονομάζεται μεταγενομική ακολουθία, η οποία διαβάζει όλο το γονιδιακό υλικό σε ένα δείγμα και εντοπίζει όλους τους παρόντες οργανισμούς: χρήσιμα βακτήρια, κοινά παθογόνα, μικρόβια που δεν είχαν εντοπιστεί ποτέ στο παρελθόν. Αλλά για να εντοπίσει κανείς το άγνωστο είναι περίπλοκο. Οι κοινές συσκευές ακολουθίας “κόβουν” τα μόρια DNA και RNA σε μικρά τμήματα, το καθένα από αυτά με δεκάδες έως εκατοντάδες γενετικά μπλοκ και δαιβάζουν τις ακολουθίες των μπλοκ σε κάθε ένα από αυτά.
Για να βγάλει νόημα από τα δεδομένα το εργαστήριο της Δρ. Μάνινγκ χρησιμοποιεί το IDseq, ένα δωρεάν, ανοιχτού- κώδικα πακέτο λογισμικού, που δείχνει πώς τα τμήματα μπορεί να ταιριάζουν μαζί για να σχηματίσουν οποιοδήποτε αριθμό γονιδιωμάτων και τα συγκρίνει με γνωστά γονιδιώματα σε δημόσιες βάσεις δεδομένων.
«Είναι σαν ένα τεράστιο παζλ» λέει ο Τζόζεφ ΝτεΡίζι, βιοχημικός στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια και υπεύθυνος για την ανάπτυξη του IDseq. «Μπορείς να σχηματίσεις με τα κομμάτια που ταιριάζουν μία εικόνα του γονιδιώματος».
Το να παρακολουθείς νέα παθογόνα στην Νοτιανατολική Ασία έχει καταστεί ένα πολύ σημαντικό κομμάτι στην παγκόσμια προσπάθεια να κατανοήσουμε την πανδημία της Covid-19 και να σταματήσουμε την επόμενη πριν συμβεί. Στα τέλη Ιανουαρίου μία ομάδα ερευνητών, οι περισσότεροι από το Ινστιτούτο Παστέρ στην Καμπότζη, ανακοίνωσε ότιν είχαν χρησιμοποιήσει τη μεταγενομική ακολουθεί για να ανακαλύψουν έναν κορωνοϊό στενά συνδεόμενο με τον SARS-CoV-2 σε μία νυχτερίδα που είχε πιαστεί στην Καμπότζη το 2010. Η ανακάλυψη υποννοεί ότι η Νοτιανατολική Ασία είναι η βασική περιοχή στην οποία πρέπει να εξελιχθεί η έρευνα για τις ρίζες του SARS-CoV-2 και τη μελλοντική παρακολούθηση κορωνοϊών.
Η Δρ. Μάνιγνκ σχειάζει να χρησιμοποιήσει τη μεταγενομική για να παρακολουθήσει ζώα σε τοπικές αγορές, όπου τα παθογόνα θα μπορούσαν να περάσουν στους ανθρώπους. Η ομάδα της επίσης επέκτεινε το πρόγραμμα παρακολούθησης πυρετού σε δύο νοσοκομεία.
«Το project της Καμπότζης έχει πραγματική δείξει την αξία της μεταγενομικής ακολουθίας» λέει ο Δρ. Φάραντ Ιμάμ, ειδικός στο Ίδρυμα Γκέιτς. «Μπορούμε να στήσουμε ένα δίκτυο έγκαιρου εντοπισμού της επόμενης επιδημίας. Όσο πιο σύντομα βρούμε ποια θα είναι αυτή, τόσο πιο γρήγορα θα αναπτύξουμε τα εργαλεία για να τη νικήσουμε».
Copyright:
2021 The New York Times
Πηγή: https://www.moneyreview.gr/
